"Blinde Flecken" in der DNA können Krebsgene verbergen

Obwohl die Gen-Lese-Technologie fortgeschritten und hochentwickelt ist, gibt es bestimmte Teile der DNA, mit denen sie nicht perfekt zurechtkommt; Zum Beispiel gibt es sich wiederholende Bereiche der DNA, die die Maschinen "stottern". Aber es gibt eine Möglichkeit, diese "blinden Flecken" zu untersuchen und herauszufinden, ob sie Krebsgene verbergen.
Die Forscher verwendeten zwei riesige Krebsgen-Datenbanken, um blinde Flecken in der DNA zu lokalisieren, die krebsverursachende Gene enthalten könnten.

Zu diesem Ergebnis kommt eine neue Studie von britischen Wissenschaftlern von Cancer Research UK, die an der Universität von Manchester in Großbritannien arbeiten und ihre Ergebnisse in der Zeitschrift vorstellen Krebsforschung.

Das Team fand mehr als 400 blinde Flecken in der DNA, die krebserregende Genschäden tragen könnten, wie der leitende Forscher Andrew Hudson, ein Wissenschaftler am Cancer Research UK Manchester Institute erklärt:

"Die Gene hinter Krebs sind wie eine Geschichte. Während wir das meiste des Buches mit Gen-Lese-Technologie lesen konnten, bedeuten die Grenzen dieser Werkzeuge, dass einige Seiten fehlen."

"Diese Seiten könnten nur unwichtiger Füllstoff sein", fügt er hinzu, "aber wir fragen uns, ob sie wichtige Wendungen in der Handlung enthalten könnten, die unser Verständnis von Krebs beeinflussen könnten. Der nächste Schritt in unserer Arbeit wird es sein, einen Weg zu finden, diese zu öffnen Bereiche, die helfen, die ganze Geschichte zusammenzufügen. "

Das Team verglich zwei riesige Krebsgen-Datenbanken

Um nach "fehlenden Seiten" zu suchen, verglich das Team zwei prominente Krebsgenom-Sequenzierungsdatenbanken, die ihre Informationen aus Studien über im Labor gewachsene Krebszellen erhielten, und sie überprüften alle Gene, von denen bekannt ist oder vermutet wird, dass sie an Krebs beteiligt sind irgendwelche Diskrepanzen.

Die beiden Datenbanken, die sie verwendeten, sind der CCLE, die Cancer Cell Line Encyclopedia und COSMIC, der Katalog der somatischen Mutationen im Krebs.

Sie schreiben, wie ihre Analyse "deutliche Diskrepanzen beim Nachweis von Missense-Mutationen in identischen Zelllinien aufdeckte (57,38% Konformität)", und sie stellen fest, dass der Hauptgrund für die Diskrepanz "eine unzureichende Sequenzierung von GC-reichen Bereichen ist".

Mit anderen Worten, für bestimmte DNA-Regionen gab es eine Fehlpaarung von mehr als 40% in der Codesequenz, die von den beiden Datenbanken gegeben wurde, obwohl die Information von identischen Zelllinien stammte. Die Autoren bemerken diese Fehlpaarungen, die in "GC-reichen" Bereichen der DNA auftraten. GC steht für Guanin und Cytosin, zwei der vier Bausteine ??der DNA.

Auch als "Proof of Principle", um zu zeigen, dass es sich lohnt, die toten Winkel für neue Krebs-Treiber näher zu untersuchen, konzentrierte sich das Team auf eine neu entdeckte Mutation im PAK4-Gen. Sie zeigten, dass "spezifische Targeting und Sequenzierung" der GC-reichen blinden Flecken "zur Identifizierung neuer Treibermutationen in bekannten Tumorsuppressoren und Onkogenen führen kann."

Sie kommen zu dem Schluss, dass ihre Studie durch Querverweise zwischen Gen-Datenbanken von häufig verwendeten Zelllinien zeigt, dass es möglich ist, neue Krebs-Auslöser zu entdecken - indem man in den schlecht sequenzierten Bereichen schaut.

"Tiefer in die genetischen Ursprünge von Krebs eintauchen", um Krankheitsauslöser zu finden

Nell Barrie, Senior Sciences Information Manager für Cancer Research UK sagt:

"Indem wir uns tiefer in die genetischen Ursprünge von Krebs begeben, können wir die Art und Weise erkennen, wie die Krankheit ausgelöst wird und sich entwickelt. Dies könnte uns helfen, von der Wurzel aus anzugehen und mehr Krebspatienten eine Chance zu geben, die Krankheit zu überleben."

Im Oktober 2014, Medizinische Nachrichten heute Englisch: bio-pro.de/en/region/stern/magazin/...3/index.html Wie Erkenntnisse darüber, wie Zellen Chromosomen kopieren, wichtig sein könnten, um Krebs zu bekämpfen Ein Team von Forschern entdeckte, dass, wenn eine Komponente zum Abwickeln von DNA-Strängen intakt bleibt, nachdem das Chromosom-Kopieren abgeschlossen ist, es die Zellteilung zerstören kann, ein bekannter Auslöser für Krebs.